Institutga magistratura mutaxassisliklariga qabul 1999-2000 o‘quv yilidan boshlangan bo‘lib, 2003-2004 o‘quv yiligacha mutaxassisliklar tegishli fakultet dekanatlariga qarashli bo‘lgan. 2003 – 2004 o‘quv yilidan 2006-2007 o‘quv yiligacha “Magistratura bo‘limi” ni dots. Usmonov Axtam Usmonovich boshqargan. O‘zbekiston Respublikasi Oliy va O‘rta Maxsus Ta’lim Vazirligining 2007 yil 29 dekabrdagi № 269 – sonli buyrug‘iga asosan 2007 -2008 o‘quv yilidan “Magistratura bo‘limi” qaytadan tashkil qilinib, unga dotsent Shomurodov Toyir Ramazonovich boshliq etib tayinlangan. 2018 yildan hozirgacha magistratura bo‘lim faoliyatiga prof. Nizamov Aslitdin Badreddinovich rahbarlik qilib kelmoqda.
Magistratura bo‘limida o‘quv jarayoni talab darajasida tashkil qilingan bo‘lib, fanlarning o‘quv – uslubiy ta’minoti hamda moddiy – texnika bazasiga asosiy e’tibor qaratilgan. Magistrlik dissertatsiyalari mavzularini tanlashda buyurtmachi talabi, mavjud ishlab chiqarish muammolari va ilmiy tomonidan asoslanganlik mezonlari asosiy omillar sifatida qabul qilingan.
Magistrantlar tegishli kafedralarning ilmiy – tadqiqot ishlariga to‘liq jalb qilinishlari bilan bir qatorda kafedralarda laborant, kabinet mudiri hamda bakalavrlarga amaliy va laboratoriya mashg‘ulotlarini soatbay, 0,25 yoki 0,5 hissa assistent lavozimlarida o‘tmoqdalar.
Bundan tashqari magistrantlar asosan 0,5 hissada Buxoro shaxrida joylashgan kasb – hunar maktablari, texnikumlar va ishlab chiqarish korxonalarida o‘z sohalari bo‘yicha faoliyat ko‘rsatmoqdalar. Magistraturani tugatayotgan bitiruvchilarning ko‘pchiligi institutda qolib doktoranturada o‘qishni davom ettirish istagida.